En los Google Alerts me encontré con este artículo interesante en mi opinión esto siempre será asi, porque la diferencia radica en que Windows tiene su código cerrado, por lo que la mayoria de sus funciones es una caja negra, mientras que Linux al tener su codigo abierto, accesible y modificable para todo el mundo es sencillo atacarlo conociendo sus debilidades y aprobechandose de servidores que no tienen una configuración adecuada.

http://www.malditainternet.com/node/992